The Bureau speelt zich af in 1962, ten tijde van de koude oorlog. The Bureau vertelt het verhaal van XCOM's eerste ervaringen met een mysterieuze en vernietigende vijand. Origineel opgericht om de verborgen verdedigings linie tegen de Soviet Unie te zijn, moet The Bureau zich aanpassen om de grootste dreiging tegen te gaan die de wereld ooit heeft gezien. Jij speelt als special agent William Carter, jij maakt de dienst uit van een groep agenten die vechten voor de overleving van het menselijke ras. De belangrijkste taak van The Bureau is zorgen dat het nooit bekent word dat deze dreiging bestaat, dus niemand zal ooit weten wat The Bureau doet of is.