In Death Jr.: Root of Evil speel je met DJ, de zoon van de Grim Reaper (de Dood). Door de baan van zijn vader heeft DJ nogal een druk leven. Gelukkig heeft hij zijn vrienden die hem bijstaan tijdens zijn avonturen. In het spel kunnen spelers zowel DJ als zijn Gothic-vriendin Pandora besturen. Samen met haar loopt DJ door de vele spelwerelden die deze game rijk is.

De gameplay komt voornamelijk neer op het springen van platform naar platform en het afmaken van tegenstanders met onder andere je zeis. Tijdens zijn avonturen komt DJ langs verschillende omgevingen, zoals een speelgoedbegraafplaats, een verlaten militaire basis en een uitgedroogde rivier.